행정해석 사전답변 조세특례

쟁점 무상주의 양도차익에 대해 비과세가 적용되는지 여부

사건번호 사전-2025-법규법인-0438 [법규과-2711] 선고일 2025.11.25

유상증자 시 발생한 주식발행초과금의 자본전입으로 동 주식의 지분비율에 따라 취득한 무상주의 양도차익에 대해 비과세가 적용됨

유상증자로 취득한 주식을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」 제13조(이하 ‘쟁점규정’)에 따라 비과세가 적용되는 경우 해당 유상증자 시 발생한 주식발행초과금의 자본전입으로 동 주식의 지분비율에 따라 취득한 무상주에 대해서도 쟁점규정에 따라 비과세가 적용되는 것임

○ 질의법인은 벤처기업에 대한 투자사업 등을 영위하기 위해 설립된 법인으로 「벤처투자 촉진에 관한 법률」(이하 ‘벤처투자법’)에 따른 벤처투자회사에 해당함

○ 질의법인은 2013.9월부터 벤처투자법 상 벤처투자조합인 본건 펀드의 지분 .%를 보유함

○ 2015년경, 본건 펀드는 당시 벤처기업이었던 주식회사 ○○(이하 ‘피투자법인’)의 상환전환우선주(이하 ‘본건 신주’)를 취득하였음

• 2015... 피투자법인(2013.11월 설립)과 우선주 인수계약을 체결하여 본건 신주 총 ,주(신주대금: ,,***원)를 인수하였으며

• 질의법인은 본건 펀드의 지분 .%를 보유하고 있어 해당 지분에 상응하는 주식 약 **주(이하 ‘쟁점 신주’)를 간접 취득하였음

○ 한편, 피투자법인은 2023.3.30.자 주주총회 결의를 거쳐 주식발행초과금을 자본금으로 전입하는 무상증자를 시행하여 본건 펀드를 포함한 주주들에게 이에 상응하는 무상주를 배정하였음(무상증자비율1:6)

• 본건 펀드가 보유한 피투자법인의 주식수는 위 무상증자를 계기로 *,***주(이하 ‘본건 무상주’)만큼 증가하게 되었고,

• 질의법인은 간접적으로 보유하던 피투자법인의 주식 주에 무상증자에 따라 배정된 ,주(이하 ‘쟁점 무상주’)를 더하여 총 *,***주를 간접 보유하게 되었음

○ 이후, 본건 펀드는 2025.3.28. 본건 신주 및 본건 무상주 전부를 처분하여 양도차익을 얻게 되었고,

• 질의법인 역시 간접 보유하던 쟁점 신주와 쟁점 무상주에 대해 양도차익을 확보하게 되었음

2. 질의내용

○ 피투자법인 설립 후 7년 이내에 유상증자에 참여하여 신주를 취득하고 설립 후 7년이 지난 시점에 해당 신주에 근거하여 무상주를 배정받은 경우

• 해당 무상주의 양도차익에 대해 「조세특례제한법」 제13조에 따른 비과세가 적용되는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제13조 【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

3. 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처투자 촉진에 관한 법률제50조제1항제5호에 따른 상법상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "벤처투자조합등"이라 한다)을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  • 가. 벤처투자 촉진에 관한 법률제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 "개인투자조합"이라 한다) 및 같은 법 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)

② 제1항제1호부터 제4호까지 및 제7호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

5. 제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 30을 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 제14조 【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3및제3호부터제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도로 발생하는 소득은 소득세법제94조제1항제3호에 따른 양도소득에 포함하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

○ 조세특례제한법 시행령 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 5년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별법 제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 창업 후 5년 이내 최초로 출자한 날부터 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억원 이하인 경우에는 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 출자한 것으로 본다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 제1호 단서를 적용할 때 법인세법 시행령 제2조제8항제2호는 적용하지 아니한다.

  • 가. 소득세법 시행령 제98조제1항 또는 법인세법 시행령 제2조제8항에 따른 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대한 출자
  • 나. 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조제8호에 따른 개인투자조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대한 출자

○ 상법 제461조 【준비금의 자본금 전입】

① 회사는 이사회의 결의에 의하여 준비금의 전부 또는 일부를 자본금에 전입할 수 있다. 그러나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 경우에는 주주에 대하여 그가 가진 주식의 수에 따라 주식을 발행하여야 한다. 이 경우 1주에 미달하는 단수에 대하여는 제443조 제1항의 규정을 준용한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)